《ソードアート・オンライン》が開始され、キリトはその仮想世界を満喫する。だが《SAO》の開発者は、ゲームはクリアするまで脱出不能だと宣言する。
デスゲームの開始から1ヶ月。命懸けの戦いに苦戦する中、ディアベルがボス攻略会議を開催。参加したキリトは、あるソロプレイヤーとパーティーを組む。
モンスターに襲われていたギルド《月夜の黒猫団》を救ったキリトは団の一員になる。黒猫団は急成長し、最前線で戦う《攻略組》に追いつこうとする。
《ビーストテイマー》のシリカはリーダーと喧嘩別れして森で迷い、モンスターに遭遇する。偶然キリトに助けられたが、大切な使い魔ピナを失ってしまう。
《SAO》屈指のギルドで活躍するアスナ。攻略は第59層まで進んでいた。そんな中、《圏内》で男性プレイヤーが死亡。アスナとキリトは調査に乗り出す。
《圏内》では不可能なはずの殺人を調査するキリトとアスナ。被害者の共通点は解散したギルドの元メンバー。今は亡きリーダーが復讐しているという。
リズベットの店に、最高の剣を作ってほしいという客がやってきた。その客が見本で差し出したのはレアな魔剣。リズは対抗して最高の剣を差し出すが...。
最前線の第74層で攻略を終えた帰り道、S級のレア食材を手に入れたキリト。料理スキルをコンプリートしたというアスナに調理してほしいと頼み込む。
アスナと組んだキリトは、第74層の迷宮を突破し、ボス部屋を発見。手強そうなボスを目にして撤退した2人は巨大ギルドを率いるコーバッツに出会う。
《血盟騎士団》から距離を置きたいというアスナの為、キリトは最強の男と名高い団長と決着をつけることに。大観衆の中、二人の一騎打ちが幕を開ける。
ある事件をきっかけに、絆を深めたアスナとキリトは《結婚》する。穏やかな生活を満喫する二人。そんなある日、二人は森をさまよう少女に遭遇する。
《はじまりの街》へ向かうキリトとアスナは迷宮に置き去りにされたシンカーの救出を引き受ける。《安全エリア》に避難していたシンカーを発見するが...。
釣りをしていたキリトは、釣り好きのニシダとヌシ釣りに挑戦する。ニシダとの出会いを通じ、普通の人々の存在を実感。そして一通のメッセージが届く。
第75層のボスとの戦いは想像を絶するものとなった。多大な犠牲を出した《攻略組》はこの先の攻略の厳しさを予感し、打ちひしがれる...。
ヒースクリフとの死闘の末、桐ヶ谷和人は現実世界に帰還。他の生存者も生還するが、多くが意識を失ったままだ。そしてアスナもその一人だった...。
VRMMORPG《アルヴヘイム・オンライン》の画像には、アスナらしき女性の姿が。それを見た和人はアスナがゲームの中に囚われていると確信する。
サラマンダーたちに襲われていたところをキリトに助けられたリーファは、お礼に彼をシルフ族の首都・スイルベーンへ案内する。
キリトを《世界樹》まで案内することにしたリーファを邪魔するシグルド。一方、アスナは《世界樹》の頂上に囚われ、不安と恐怖に耐えていたが...。
《世界樹》を目指すキリトとリーファに警戒を促すメッセージが届く。時すでに遅くサラマンダーの部隊が接近し、戦うしかない状況に陥ってしまう。
シルフとケットシーは極秘で領主会談を開催するが、サラマンダーの大軍に襲撃される。キリトはある大胆な計画でサラマンダーに手をひかせようとする。
キリトとリーファはついに《世界樹》の近くまでやってきた。だが間もなくサーバーがクローズされるため、翌日の再会を約束していったんログアウトする。
《世界樹》の上部にアスナがいると聞き、キリトはいてもたってもいられず翅を広げる。システム障壁に阻まれるが、キリトはアスナの奪還を決意する。
リーファの正体はなんと妹の直葉だった。直葉に秘めた想いを打ち明けられ、驚愕する和人。だが、再び《ALO》にログインして妹と向かい合うことに...。
グランド・クエストを突破したキリトは、《世界樹》の頂上に到達し、アスナとの再会を果たす。キリトはすぐに彼女を現実世界に戻そうとするが...。
オベイロンと決着をつけたキリト。アスナと現実世界で会うことを誓う。和人はすぐに明日奈の入院先へと急ぐ。しかし、入り口で待ち受けていたのは...。
《死銃(デス・ガン)》なるプレイヤーに銃撃された後、謎の死を遂げた2人のプレイヤー。人気VRゲームにまつわる奇妙な事件を聞いた和人は...。
《ガンゲイル・オンライン(GGO)》随一のスナイパーとして活躍するシノン。第一目標の狙撃に成功した彼女は、マント姿の巨漢から反撃を受ける。
シノンのプレイヤーである女子高生・朝田詩乃。幼い頃のある事件が理由で、彼女は銃にトラウマを抱いていた。下校途中、不良に絡まれた詩乃は...。
《GGO》最強のガンナーを決める大会にエントリーしようとするキリト。勝手がわからず、道に迷った彼が声をかけたのは、近くにいたシノンだった。
《バレット・オブ・バレッツ(BoB)》の予選トーナメントで、シノンと同じブロックに出場することになったキリト。2人は全力で戦おうと誓い合う。
声をかけてきたボロマント姿の男に《SAO》での死闘を思い出し、キリトは苦しむ。そんな中、予選を勝ち進んだキリトとシノンは決勝で対戦することに。
ボロマントの男が《SAO》の生還者かもしれないという思いに苦しむキリト。一方、キリトへの苛立ちが収まらない詩乃は、本戦で彼を倒すことを誓う。
《BoB》本戦に《死銃》とボロマントの男が出場すると考えたキリトは、シノンに情報交換を持ちかける。そんな中、本戦の火蓋が切って落とされた。
自らが死銃であると明かし、真の死をもたらすと宣言したボロマントの男。中継を観るアスナたちは、彼が《ラフィン・コフィン》の元幹部だと気づく。
奇襲を受け、死銃に追い詰められたシノンは、彼の拳銃に過去の事件の記憶をフラッシュバックさせる。間一髪で駆けつけ、彼女を救出するキリトだが...。
死銃から逃れ、砂漠の洞窟に身を潜めるキリトとシノン。死銃が現実世界のプレイヤーを殺害した方法を推理するキリトは、ある恐るべき可能性に気づく。
《BoB》も終盤戦。キリトは、自分がオトリとなり、シノンが狙撃を担当する作戦を提案。作戦は狙い通りに進み、ついに死銃と対峙するのだが...。
銃撃のみならず、剣撃の腕前も高い死銃に追い詰められるキリト。一方、スコープを破壊されたシノンは、今自分にできることがないか、必死に考える。
詩乃を殺してから自分も死のうと襲いかかる恭二。だが間一髪、駆けつけた和人に詩乃は助けられる。後日、総務省の菊岡に会いに出かけた2人は...。
《ALO》で聖剣エクスキャリバーが発見された。そのニュースを知ったキリトは、アスナやクライン、シノンたちを呼び集め、ダンジョンへと向かう。
女神ウルズからエクスキャリバー奪還のクエストを与えられたキリトたち。ユイはこのクエストを、システムが自動生成したものではないかと推測する。
ダンジョンの最下層で待ち受けるボス・スリュムと対決する一行。キリトたちがピンチに陥ったとき、仲間に加えた女性NPC・フレイヤが声を上げる。
アップデートにより《新生アインクラッド》の第21~30層が解放。期待に胸を膨らませるアスナと仲間たちは以前、ログハウスがあった場所に向かう。
凄腕プレイヤーの《絶剣》に勝負を挑むことにしたアスナ。しかし現実世界に戻ってきた明日奈は、母から進学校の編入試験を受けるよう、言い渡される。
ユウキがリーダーを務めるギルド《スリーピング・ナイツ》への協力を頼まれたアスナ。彼らは解散前の思い出作りとして、ボス攻略に挑もうとしていた。
第27層のボスに挑む《スリーピング・ナイツ》の動きを察知した、ボス攻略専門ギルド。彼らの妨害を受けたアスナたちは、窮地に追い込まれてしまう。
アスナの前から突然、ユウキが姿を消してから数日が過ぎた。もう一度会いたいと願う明日奈のもとに和人から、屋上で待ってるというメールが届く。
末期の病で無菌室から一歩も出られないユウキ。もう一度学校へ行きたいというユウキのため、明日奈は和人らの協力を得て彼女に学校生活を体験させる。
外の世界を体感できるようになり、これまでにないほど充実した毎日を過ごすユウキ。そして3月も終わりのある日、明日奈のもとに一通のメールが届く。
巨大な黒樹・ギガスシダーを倒すという天職を背負うキリトとユージオ。幼なじみのアリスを加えた3人は"果ての山脈"の洞窟へ遠出することを決める。
キリトが目を覚ますと、そこはゲームの中を思い起こさせる見知らぬ世界だった。記憶が曖昧なまま途方に暮れる彼は、ユージオという名の少年と出会う。
ユージオを天職から解放するため、ギガスシダーを倒す決意を固めるキリト。ユージオが北の洞窟で見つけたという剣を目にして、彼はある案を思いつく。
セルカが"果ての山脈"に向かったと考え、後を追うキリトとユージオ。2人はダークテリトリーからやって来たと思しきゴブリンと遭遇し、戦うことに。
現実世界の桐ケ谷和人は依然、意識不明の状態。設備が整った病院へ移転した和人を、明日奈と直葉が見舞いに行くと、回復するまで面会謝絶と言われる。
"ラース"の研究施設に潜入し、菊岡を厳しく問い詰める明日奈。菊岡は観念したように、和人を"ソウル・トランスレーター"で治療していると明かす。
ルーリッド村を出て2年、北セントリア帝立修剣学院に入学を果たしたキリトたち。学院次席のソルティリーナは、キリトの隠された強さを見抜いていた。
学院の主席であるウォロ・リーバンテインと手合わせをすることになったキリト。ウォロが背負う祖先の戦士たちの"イメージ力"が、キリトを圧倒する。
強くなるために剣にどんな想いを込めればいいかわからず、悩むユージオ。そんな折、ユージオは学院の首席・ライオスと次席のウンベールに絡まれる。
ロニエとティーゼを捜しに外へ飛び出すキリト。入れ違いでユージオのもとに来たフレニーカは、ウンベールに抗議に行った2人がいまだ戻らないと話す。
まるで別人のようなアリスの振る舞いに、困惑するキリトとユージオ。一方の現実世界では、和人を見守る明日奈の前に、1台の奇妙なロボットが現れる。
脱獄に成功するも、待ち伏せていたエルドリエに行く手を阻まれるキリトたち。戦いの最中、ユージオはエルドリエの顔に見覚えがあることに気づく。
キリトらを助けた少女・カーディナルの正体は"アンダーワールド"の秩序を司る自律型プログラムだった。驚くキリトに、彼女はさらなる事実を明かす。
武具保管庫で、奪われた愛剣を見つけたキリトとユージオ。だが息をつく暇もなく、2人に整合騎士のデュソルバート・シンセシス・セブンが襲い掛かる。
"セントラル・カセドラル"を上り続けるキリトたちは、リネルとフィゼルという少女と出会う。隙を突かれた2人は毒剣によるマヒ攻撃を受けてしまう。
キリトは"武装完全支配術"を発動し、ファナティオとの戦いは決着を迎える。再び最上階を目指すキリトとユージオは、奇妙な昇降機の前にたどり着く。
"セントラル・カセドラル"の外に放り出されるという絶体絶命の状況で互いの信念をぶつけあうキリトとアリス。やがてキリトはアリスに休戦を提案する。
"セントラル・カセドラル"の91階にたどり着いたユージオ。湯気がわき立つ大浴場で、ユージオは整合騎士ベルクーリ・シンセシス・ワンと出会う。
キリトから告げられた整合騎士の真実を受け入れられず、動揺するアリス。その頃、死闘の最中に意識を失ったユージオは、最上階へと連行されていた。
アリスとともに、90階の大浴場にたどり着いたキリト。チュデルキンによって石化されたベルクーリは力を振り絞り、2人にユージオの行方を告げる。
キリトとアリスの前に、整合騎士となったユージオが立ちはだかる。全力で剣を振るい、彼に語りかけるキリト。しかし、戦いは思いがけない結末を迎える。
ついに"セントラル・カセドラル"の最上階にたどり着いたキリトたち。巨大なピエロに姿を変えたチュデルキンに、3人は連携を取りながら戦いを挑む。
数百年に及ぶ因縁に決着をつけるべく現れたカーディナル。だが、倒したはずのソードゴーレムが起き上がり、アドミニストレータは恐るべき真実を語る。
かつてのトッププレイヤー"黒の剣士"の姿を強くイメージするキリト。彼はこの世界で出会ったすべての人の想いを胸に、アドミニストレータに挑む。
アドミニストレータとの激闘から半年。廃人のようになってしまったキリトとともに、故郷・ルーリッド村で暮らすアリスのもとを、ある人物が訪れる。
ダークテリトリーの軍勢に襲われる村へ駆け付けるアリス。家族のため、キリトたちが守ろうとした人々のため、アリスは再び整合騎士として剣を振るう。
"オーシャン・タートル"を襲撃したのは、ガブリエル率いる特殊工作部隊。ガブリエルは"アンダーワールド"内のアリスを探し出そうと秘策を試みる。
ベクタのアカウントを使って、"アンダーワールド"にログインしたガブリエル。彼は自分のもとに集まった闇の軍勢に、人界との全面戦争を指示する。
東の大門のすぐそばまで迫る闇の軍勢。心を失ったままのキリトとともに、人界軍に合流したアリスは、久しぶりに騎士団長のベルクーリと再会を果たす。
ついに東の大門が崩壊し、人界へとなだれ込む闇の軍勢。果敢に迎え撃つ整合騎士たちだが、圧倒的な数の力を前に、戦況は闇の軍勢に有利に傾き始める。
初めての戦いに怖気づき、逃げ出してしまった整合騎士のレンリ。補給部隊のテントに隠れる彼の前に、キリトを連れて避難してきたロニエたちが現れる。
アリスの放った強力な術式が闇の軍勢を打ち払い、喜びに沸く人界軍。一方、"光の巫女(みこ)"の存在を察知したベクタは、さらに非情な作戦に出る。
アリスを捕らえるため、全軍に突撃命令を下すベクタ。本隊に先行する拳闘士たちを迎え撃つべく、準備を進めるアリスたちのもとに意外な人物が現れる。
"創世神ステイシア"として降臨したアスナは、無事にキリトと再会。しかしそこに現れたアリスと、キリトをめぐって一触即発の状態に陥ってしまう。
縄を伝って峡谷を渡ろうと強行する暗黒騎士たちに、襲いかかる人界軍の遊撃隊。一方の現実世界では、米工作隊のクリッターが新たな手段に打って出る。
現実世界の米国プレイヤーたちが殺りく集団と化し、アスナは必死に止めようとする。それを見ていたイスカーンは、仲間の死に無関心な皇帝に対し憤る。
包囲されたアスナたちを救い出したシノンは、キリトとも再会。"地神テラリア"としてログインしたリーファは、オーク族の長・リルピリンと出会う。
リズベットら、心強い仲間の助けを得て、再び戦いの最前線に飛び込むアスナ。一方その頃、キリトの意識をモニターしていた比嘉は、ある変化に気づく。
ベルクーリとキリトの意志を胸に"果ての祭壇"へ向かうアリス。戦いにようやく決着がついたかに思えたその時、アスナたちの前に驚くべき人物が現れる。
比嘉に銃を突きつけ、キリトの復活を妨害しようとする柳井。一方のアンダーワールドでは、再ログインしてきたガブリエルの前にシノンが立ちはだかる。
見つけ出したキリトに対して、車椅子を蹴り倒し、挑発するヴァサゴ。彼の刃がキリトに振り下ろされようとした瞬間、思いがけない人物が駆けつける。
いまだ目覚めることなく、夢の中をさまよい続けるキリト。一方、再び立ち上がったアスナはヴァサゴに挑みかかる。彼はアスナにキリトへの執着を語る。
意識を取り戻したキリトは、右手に夜空の剣を、左手に折れた青薔薇(ばら)の剣を構えヴァサゴに挑む。激しいヴァサゴの攻撃に押されるキリトだが...。
アリスとともに、"果ての祭壇"に向かって急ぐアスナ。時間を稼ぐために、ガブリエルに立ち向かうキリト。ガブリエルは彼に、お前は何者かと問う。
アリスを凛子に託し、アスナはアンダーワールドに残ることを選ぶ。比嘉と菊岡は緊急加速フェーズを解除するため、ケーブルダクト下層へ急ぐが...。
世界初の真正汎用人工知能として、人々の前に姿を現したアリスは凛子とともに会見に出席。中継を見つめる人々の中に、キリトとアスナの姿はなかった。
アリスが失踪したと聞き、慌てて家を出ようとした和人のもとに、大きな段ボール箱が届く。不審に思いながら箱を開けた和人は、中身を知って驚くことに。