西暦2003年 、陸上自衛隊東富士駐屯地 で、対「ソーラーマキシマム」の人工磁場シールド 発生装置の実験中、事故が発生。その場にいた的場一等陸佐 率いる「第3特別実験中隊」が地面ごと忽然と消える。約3日後、磁場の揺り戻しにより、戦国時代の侍（七兵衛）が現代に到着する。どうやら、第3特別実験中隊は1547年の戦国時代 に飛ばされて生きているらしい。しかし、その後、彼らの歴史への介入による影響と思われる「虚数空間」、通称「ホール」が現代の日本各地に出現し、侵食を始める。ホールの侵食が進めば、いずれ、この世界は消滅してしまうと予測される。

2005年、極秘救出作戦「オペレーション・ロメオ」が発動され、特殊編成部隊「ロメオ隊」が的場たちを救出するため、あるいは世界を救うために、タイムスリップ を行う。かつて的場が創設した特殊部隊「Fユニット」の一員だった元自衛官の鹿島勇祐もオブザーバーとして参加し、七兵衛も同行する。到着先は1549年、つまり的場たちが戦国時代に到着してから2年の月日が経過しているはずである。現代に戻れるタイムリミットは、74時間26分。

しかしロメオ隊は、戦国時代に到着するなり、偵察に出したヘリコプター を誘導弾によって撃墜されてしまう。その直後、草木を身にまとい偽装した武装集団の襲撃を受けるが戦国時代の戦兵とは思えない洗練された動きに、最新兵器を持っていながらロメオ隊は退避せざるを得なかった。到着直後幾つかの装備を失い、隊員の半数が戦死する犠牲を出すこととなり鹿島は指揮官の森三佐に実弾を使うよう迫るが、ロメオ隊は「非常事態」を除き実弾の使用の一切を禁じられているとして、頑なに拒否する。しかし、森の発言から「オペレーション・ロメオ」の真の目的とは的場たちを救出することではなく、直接対決を意味していることを鹿島は知るのであった。実弾を使用可能なのは非常時のみという真意は、第3特別実験中隊を殲滅することだけの為ということだった。

翌日、鹿島たちの元に、先日襲撃してきた武装集団が現れ、「天導衆」と名乗る。先頭に立つ人物が仮面を取ると、それは２年前にこの時代に飛ばされた「第3特別実験中隊」の隊員・与田であった。その事実に鹿島たちは驚くが、彼は武器を捨てるように要求する。どうして攻撃してくるのか質問する鹿島であったが、その直後、第3特別実験中隊の対戦ヘリ・AH-1S コブラが飛来し、睨みをきかせてくる。いま抵抗するのは得策ではないと悟り、鹿島たちは要求に従うことするのであった。

そのまま「天導衆」によって彼らが連れてこられた先にあったのは、現代兵器で武装され、原油精製施設まで備えた「天母城」と呼ばれる場所であった。鹿島たちはそこで、第3特別実験中隊の指揮官であった的場と再会するが、彼はこの時代で織田信長 を名乗り、「自衛隊」であることをやめ「天導衆」として最新兵器を使い、日本を強固な国に建て替えるため、故意に歴史を変えようとしていたのである。

鹿島は、かつて的場に言われた「未来に対して責任を持って生きろ」という言葉に従い、自分の選んだ道の未来を受け入れるため、そして歴史と未来を守るために、仲間たちとともに的場たちと対決することを決意する。現実は圧倒的な戦力を持つ的場たちが有利、自分たちだけで勝つことはほぼ不可能に近い。しかし鹿島は「自分たちの手の中に歴史を修正する切り札があること」に気が付く。

現代に帰還できるまでのタイムリミットが迫る中、世界を救うため、歴史を守るために、鹿島たちは最後の戦いに臨むのであった。