イナズマイレブン　世界への挑戦編

エイリア学園事件から３か月。それぞれの学校へと戻った雷門中イレブンたちは、サッカーを楽しむ毎日を送っていた。ある日、響木監督から呼び出された円堂は、雷門中体育館に集められた面々――ともにエイリア学園と戦った吹雪や立向居、網海たちの姿にびっくり。さらにジェネシスのヒロトやジェミニストームのレーゼこと、緑川、因縁のある不動や初めて見る飛鷹といった顔触れも姿を現す。響木監督によると、世界中から少年サッカーチームを集めて開催されるフットボールフロンティア・インターナショナルが開催されるというのだ。円堂たちは２チームに分かれて日本チーム選抜のための対抗戦を行うことに。一方、海外留学を決めた夏未は、父・総一郎から、とある調査を頼まれていた......。

試合前日。新しいユニフォームを手にして、決意を新たにする円堂たち。円堂、鬼道をそれぞれのキャプテンとした２チームに分かれ、ついに日本代表を決める選考試合が開始される。豪炎寺のファイアトルネード改を円堂の真ゴッドハンドが、染岡のワイバーンクラッシュＶ２を立向居のムゲンザハンドG4が受け止める。真剣に、激しくぶつかり合う選手たち。一進一退の攻防が続く中、勝負よりも自分のアピールを第一にする不動、意外な活躍を見せる目金、力を出し切れない飛鷹や虎丸と、それぞれが自分の実力をぶつけた試合を展開する。そんな両チームの試合を応援する各中学のメンバーに交じって、厳しい目で見つめる男の姿があった......。

ついに16人の日本代表チームが決定。しかしその監督は響木ではなく、選考試合を見つめていた謎の男――久遠だった。彼の娘の冬花がマネージャーとして加わり、世界一を目指す強化合宿が始まった。久遠はまず、今の実力では世界に通用しないこと、自分のやり方に口答えは許さないこと、過去の実績に関係なく試合に出たければ実力でレギュラーの座を勝ち取れと告げる。厳しい練習が始まるが、怪しい雰囲気を漂わせる不動、皆と馴染まない飛鷹、自分でシュートをしない虎丸と、問題は山積み。さらにこれまでの戦い方を否定するように、久遠監督から厳しい指示が飛ぶ。しかも、不動の危険なプレーを認める発言に、緑川は焦りを隠せず......。

アジア予選。イナズマジャパン１回戦の相手は、強豪・オーストラリア代表のビッグウェイブスに決定する。優勝候補との戦いに意気上がるイナズマジャパンの面々だったが、久遠監督はなんと、試合までの２日間は練習禁止、合宿所から出るなと命じる。驚く一同。我慢できずに与えられた個室から抜け出すが、久遠監督は練習を認めない。彼の態度とチームを潰したという過去に不安を抱く鬼道たちに、２日くらい練習できないからと不安になるようなら代表を辞めろという不動。そこに届いた、海で鍛えぬかれたビッグウェイブスは攻撃を完全に封じるフォーメーションをもっているという情報に、みんな居ても立ってもいられない。そんな折、飛鷹を訪ねて不良グループが現れ......。

ついに始まったアジア予選。ビッグウェイブスのボックスロック・ディフェンスに攻撃を阻まれたイナズマジャパンは、先制を許してしまう。世界レベルのプレイを目の前にして興奮する円堂。その姿に壁山たちも励まされるが、鬼道だけは久遠監督の指示による連係プレーの練習不足を感じていた。豪炎寺、吹雪、ヒロトの攻撃も、ボックスロック・ディフェンスに阻まれ、イナズマジャパンは防戦一方。呆然とする面々に、久遠監督は「箱の鍵は自分たちの中にある」という言葉をかける。その意味を考える鬼道は、囲まれながらも攻略法をひらめき、ついにボックスロック・ディフェンスを破る。しかし豪炎寺、吹雪のシュートは防がれ、鬼道は激しいチャージに負傷してしまう......。

狭い部屋での練習、虎丸の起用、網海へのアドバイスと、次々と効果を現した久遠監督の采配でビッグウェイブスとの戦いを終えたイナズマジャパン。久遠監督の過去も明らかにされ、監督へのチームの信頼は固いものとなった。そして予選第２戦の相手は、カタール代表のデザートライオンに決定。砂漠での練習を積んだ彼らと戦うため、基礎体力と身体能力の強化が必要という久遠監督の言葉に、走り込み特訓を開始する。しかし練習に参加しない虎丸に、なにか事情があるのかもしれないとあとをつける円堂たち。その途中、冬花が飛鷹の昔の仲間に絡まれてしまう。飛鷹の活躍でなんとか切り抜け、虎丸の後を追ったた円堂たちの目の前には、食堂で働く彼の姿があった......。

照りつける太陽と運動量、そしてデザートライオンの当たりの強さに、疲労を隠せないイナズマジャパンの面々。後半に入り、緑川、綱海、ヒロトと、次々と体力の限界に交代していく。ついに吹雪までが倒れ、久遠監督は虎丸との交代を告げる。デザートライオンのディフェンス陣を次々とかわし、攻撃のチャンスを広げる虎丸。しかし、何度もチャンスが訪れたにもかかわらず、彼自身はゴールを狙おうとしない。なぜシュートを打たないのかと問い詰める豪炎寺に、虎丸は「自分がゴールを決めてはダメなのだ」と言う。虎丸には、自分を抑えてプレイせざるをえない、過去があったのだ......。

デザートライオン戦を通じて全力で戦うことに目覚めた虎丸。新たな力を得て、ますます盛り上がるイナズマジャパンだったが、不安要素も残っていた。いまだチームになじまず、練習もひとりでやってばかりいる飛鷹。不動は彼がいると自分たちはいつか負ける、足手まといになるだけだ、と厳しい言葉を投げつける。悔しい気持ちを響木との秘密練習にぶつける飛鷹。なぜケンカばかりしていた自分に、親身になってサッカーを教えてくれるのか。飛鷹の質問に、響木は彼が自分と似ているからかもしれないと答える。翌日、円堂は飛鷹を練習に誘うが、やはりうまくいかず、ひとり走り込みに行ってしまう。どうしたら飛鷹と近づけるのかと悩む円堂は......。

オーストラリア、カタールとの戦いで世界のレベルの高さを実感したイナズマジャパン。それぞれがさらなる必殺技を身につけるべく、自主練習を開始する。土方との連携技を練習する吹雪、同じく壁山との連携技を練習する綱海、「風」に磨きをかける風丸......。しかし、周りが力をつけていく中、緑川は焦りを隠せないでいた。彼を気遣い、共に練習するヒロト。エイリア学園がなくなったあと、自分自身のサッカーを見つけた緑川ならやれるはず。その言葉に再びやる気を取り戻す緑川。予選決勝を前に、それぞれがつけた力を確認すべく実戦形式の練習試合が行われようとしたところに、あるチームが現れる。その監督は、なんとあの吉良瞳子だった......。

瞳子監督率いるネオジャパンに、日本代表の座をかけた戦いを挑まれたイナズマジャパン。世界と戦うチャンスを与えられなかった悔しさが、ネオジャパンの選手たちに新たな力を与えていた。互いの必殺技を習得し、さらに磨き上げてきた彼らに、先取点を許してしまうイナズマジャパン。追加点を許すまいとする円堂の気持ちが「正義の鉄拳」をパワーアップさせ、シュートをはじき返すも、ネオジャパンの鉄壁のディフェンスの前になかなか攻撃の糸口が見つからない。前半終了間際、メンバーチェンジで風丸と虎丸がフィールドに。風丸は特訓していた新必殺技「風神の舞」でネオジャパンのディフェンスをかわし、豪炎寺のシュートで同点に追いつくが......。

ネオジャパンとの激しい戦いの中でさらなる進化を遂げたイナズマジャパン。しかし、久遠監督は今のままでは決して世界にいけないと言い放つ。その言葉に悩む円堂。彼の様子に気づき、心配する冬花を見て、リカたちは恋の予感だと大騒ぎ。円堂の悩みが新たな必殺技だとわかりつつも、冬花をたきつけて必殺技考案のための遊園地デートを決行させる。マネージャーとして役に立たねばと奮起する冬花。なにかがおかしいと首をひねる円堂だが、冬花はリカの作戦に従って次々とデートコースを渡り歩く。どうも様子がおかしい円堂と、つけてきたリカたちを見つけた冬花はだまされたことに気づく。そんな彼女を、円堂は鉄塔広場へと連れて行く......。

普通の生活を取り戻すことができた夕香。家政婦のフクに見守られ、学校での楽しい日々を送る彼女は、たまに合宿所から自宅に戻ってくる豪炎寺との会話を楽しみにしていた。彼もまた、夕香の元気な姿に顔をほころばせていたが、一方で、父親とは微妙なすれ違いを繰り返していた。予選決勝に向けて気合の入るイナズマジャパンの中でも、豪炎寺らしくない振る舞いが目立つ。そんな彼に、虎丸はわずかな隙を突いてくる世界の強豪相手に、常に100パーセントの力を出せる連携技を提案する。その提案を受ける豪炎寺。しかし、自宅に戻った彼を待っていたのは「サッカーをいつ辞めるのか」という、父親の厳しい一言だった。自分を継いで医師になれという父親の言葉に、豪炎寺は......。

上達してきた飛鷹、連携必殺技を練習する吹雪と土方、虎丸と豪炎寺。徐々に調子を上げてきたイナズマジャパン。練習を終えた円堂の元に手紙が届く。なんとそこには、大介のノートと同じ筆跡で、「頂上で待つ」との文字が。謎の手紙の内容に、本戦に出ればわかることと言いつつも、円堂は気になって仕方がない。一方、サッカーを辞めろという父親の言葉に、いつもと様子の違う豪炎寺。アジア予選決勝を最後にサッカーを辞めると聞かされた円堂は、久遠監督に豪炎寺の父親と直談判してくれるよう申し出るが、それも難しい様子。いらだつ豪炎寺の姿を見ても、どうすることもできない自分に悔しさでいっぱいになってしまう。そんな中、決勝戦の相手が決まる......。

決勝戦へ向かうイナズマジャパンのバスの前に立ちふさがる唐須たち。だが、鈴目たちの助けで、イナズマジャパンは間一髪試合会場へと到着する。待ち構えている韓国のファイアードラゴン。そこには、アフロディ、バーン、ガゼル、そして龍を操る者と呼ばれる韓国の司令塔、チェ・チャンスウの姿が。強敵を前に、イレブンの士気は上がる。最後の戦いに向けて静かに闘志をみなぎらせる豪炎寺、彼とともに世界で戦いたいと願う円堂。かつての仲間との戦い、そして背負った仲間の想いに負けられないヒロトと緑川。しかし、必ず勝つという円堂の言葉に、久遠監督は今のままではイナズマジャパンは勝てない、それがわからないならキャプテン失格だと言い放ち......。

吹雪、土方の「サンダービースト」でファイアードラゴンから先取点を奪ったイナズマジャパン。しかし、チャンスウの完全なる戦術「パーフェクトゾーンプレス」が発動、フォワード陣を分断してしまう。次第に狭まる包囲網にボールを奪われ、素早いパス回しに幻惑された吹雪と綱海が接触、二人は怪我を負って交代することに。相手の精神を恐怖で支配する「パーフェクトゾーンプレス」。かろうじて緑川がボールを奪ったものの、次は土方、飛鷹が標的になってしまう。ボールを奪われ、流れるようなフォーメーションチェンジから、韓国の攻撃が続く。壁山の護りはチェンスウに破られ、バーンのアトミックフレアがイナズマジャパンのゴールを襲う......。

ファイアードラゴン戦も後半に突入。久遠監督は、メンバーチェンジでチームに馴染めていない不動を投入、ひとり足りない10人のメンバーでゲームを続行する。敵を欺き、味方すら利用する彼のサッカーは、ファイアードラゴンを翻弄し、同時にイナズマジャパンを困惑させる。これまで試合に出ていなかった不動のプレイは、戦局に影響を与えつつあったが、その強引さはチームに不和を招く。かみ合わないプレイに怒りを覚える鬼道。だが、響木の口から不動の衝撃の過去が語られる。不動は、理不尽な経験から他人が信じられず、力を手に入れて強くなることこそ自分を守る手段だと信じていたのだ。そして久遠監督は、悩む円堂に「チームを見ろ」という言葉をかける。

不動を認めることで、結束を固めたイナズマジャパン。同点に追いつき、反撃に転じようとしたのも束の間、アフロディ、バーン、ガゼルの連携必殺技「カオスブレイク」にゴールを奪われてしまう。さらに失敗を恐れて動きが固くなってしまった飛鷹のプレイで窮地に陥る。失敗を恐れず思い切ってプレイしろという円堂の言葉に、飛鷹がこれまでの努力と必死のプレイで覚醒させた必殺技「真空魔」でカオスブレイクを防ぐ。そのまま攻勢に転じたイナズマジャパンは、ヒロトの「流星ブレードＶ２」で同点に追いつく。勢いづくイレブンだったが、豪炎寺はスタンドに見かけた父親の姿が気になって集中できない。虎丸はタイガーストームを成功させずに試合は終われないと励ますが......。

強敵、ファイアードラゴンを下し、世界への切符を手に入れたイナズマジャパン。仲間たちに見送られ、イナズマジェットで開催地のライオコット島を目指す。世界大会のために島を丸ごと会場にした、別名「サッカーアイランド」と呼ばれるこの島は、出場チームが真の実力を発揮できるよう、各国の街並みまで再現した驚異の島だった。すでに到着していた他国代表の練習風景を見て、世界のレベルに驚愕する円堂たち。合宿所に到着するやいなや練習を始めようと張り切るが、そこには円堂宛の手紙が置かれていた。指定されたビーチにたどり着いた円堂の目の前には、留学したはずの夏未の姿があった......。

各地の予選を勝ち抜いた10チームがそろい、ついに始まったフットボールフロンティア・インターナショナル世界大会。決勝ラウンドに進むためには、総当たり戦で上位２位に食い込まなくてはならない。イナズマジャパン初戦の相手は強豪・イギリスのナイツオブクィーン。どうせやるなら強い相手と意気あがる彼らの元に、イギリスチームから親睦会の招待状が届く。一方、赤い帽子の男の言葉が気になっていた円堂は、知り合ったばかりのイタリア代表・フィディオと練習していた。そこにアルゼンチンのテレス、アメリカのディランとマークが現れ、誰が最初にゴールを決められるか、勝負することに。各チームのエースが見せるテクニックと身体能力の高さに、円堂はただ驚かされるばかりで......。

ナイツオブクィーンとの親睦会で世界のレベルを思い知らされるとともに、「自分のサッカー」という言葉の意味をつかんだ円堂。世界の大舞台で自分たちの力が試される期待と不安に、イナズマジャパンの面々はいてもたってもいられない。試合の行われるウミヘビスタジアムに向かった彼らを待ちかまえていたのは、スタンドを埋め尽くすナイツオブクィーンのサポーターと、余裕たっぷりの表情のエドガーたち。負けられない気持ちで試合に臨むも、まるで動きを読まれているかのようにパスをカットされ、なかなか思い通りの攻撃をさせてもらえない。そしてついに、親睦会で円堂が防ぎきれなかったエドガーの必殺技、エクスカリバーがゴールに向けて放たれる......。

ナイツオブクィーンの必殺タクティクス「アブソリュートナイツ」を打ち破ったものの、ゴール前から放たれた最強のエクスカリバーの威力に、壁山が倒れてしまう。何度もやられたら悔しいから、という壁山の言葉を受けてフィールドに立ったのは染岡。自分たちも仲間の想いを背負って戦っている。激しい競り合いと読み合いの末、奪い取ったボールは染岡に繋がれ、新必殺技、「ドラゴンスレイヤー」がゴールに突き刺さる。同点となった局面で、ナイツオブクィーンは即座にメンバーチェンジ。中央に集中した新たな必殺タクティクス「無敵の槍」でイナズマジャパンを切り崩し、エドガーの必殺技、パラディンストライクでゴールを奪い取る。前半を終えた円堂の前に、再び赤い帽子の男が現れ......。

新必殺技「イジゲン・ザ・ハンド」で初戦のナイツオブクィーンを破ったイナズマジャパン。次の対戦相手は、鉄壁の守りを誇るアルゼンチン代表ジ・エンパイア。その対策を練る前に、１日の休息が与えられた円堂たちは、思い思いにライオコット島を楽しむ。そんな中、立向居はひとり練習に打ち込んでいた。新たな必殺技をみずから編み出した円堂の姿に、自分も円堂の真似ではない、自分だけの必殺技を作りださなくてはイナズマジャパンのゴールが守れないと感じていたのだ。翌日の練習後も、ひとり特訓を続ける立向居。その姿を見た春奈と壁山たち１年生ディフェンダーは、一緒に立向居の必殺技を編み出そうと、みんなで特訓を始めることに。1年生だけの秘密の朝練の中、立向居は......。

鬼道と佐久間は、不動がある人物と会っている姿を見かける。背の高い金髪のその人物は、帝国学園の元総帥、影山によく似ていた。誰と会っていたのかと問い詰める鬼道に、お前たちには関係のないことだ、とはぐらかす不動。相手は本当に影山なのか、不動は彼と手を組むつもりなのか。帝国学園時代の影山を、そして彼のゆがんだサッカーへの想いを知る鬼道は、真偽を確かめるべく、佐久間とともに街中を探し回る。過去の戦いのように、影山がフットボールフロンティア・インターナショナルにかかわっているのなら、円堂たちに危険が及ぶかもしれない......。一方、壁山たち１年生と必殺技の特訓に全力を注いでいた立向居は、その手がかりをつかみかけていた。

それぞれに影山への手掛かりを得て、彼のもとへ向かう鬼道、佐久間、不動。練習に集中できない鬼道を心配していた円堂は、バスに乗り込む彼らを見て後を追う。鬼道の口からライオコット島に影山がいることを聞いた円堂は、影山の野望を止めるべく、鬼道たちとともにイタリアエリアへと向かう。一方、イタリア代表オルフェウスのもとに、金髪の男が姿を現す。ミスターＫと名乗るその男は、新監督として、オルフェウスのメンバーを代表から外し、自分が率いるチームＫをイタリア代表として大会に出場させると宣言。納得のいかないフィディオたちに、ミスターＫは試合を行い、勝った方を代表チームとするチャンスを与える。しかし、オルフェウスの面々は事故に巻き込まれ、次々とケガをしてしまう......。

影山とミスターＫの関係を疑う鬼道。円堂たちは、ケガでメンバーの足りなくなったオルフェウスを助け、代表決定戦に出ることを決意する。日本人の力を借りるわけにはいかないと一度は断られたものの、世界の舞台で強いライバルたちと戦いたいという円堂のアツい想いを受けて、オルフェウスの面々も協力を受け入れる。ついに始まるイタリア代表決定戦。円堂たちの前には鬼道そっくりの選手、チームＫの司令塔、デモーニオ・ストラーダが立ちふさがる。姿だけでなく、そのプレイスタイルまでが鬼道そっくりなデモーニオ。さらに、チームＫは帝国学園そのものの動きを見せる。そのプレイに動揺してしまった鬼道は、自分が影山から逃れられないのではないかと思い始め......。

デモーニオの必殺技「皇帝ペンギンＸ」にゴールを奪われ、前半を１対０で折り返したオルフェウス。「皇帝ペンギン１号」をしのぐ必殺技を持つ自分こそが究極だというデモーニオを前に、鬼道の動きは精彩を欠き、代わって指示を出す不動には周りがついてこない。さらにはチームのエース、フィディオを抜いたデモーニオから、再び皇帝ペンギンＸが放たれる。「怒りの鉄槌」を破られた円堂は、「真熱血パンチ」で辛うじてシュートを防ぐものの満身創痍。それでもみずからドリブルでチームKのゴールへと攻め入る円堂の姿に、鬼道、佐久間、そしてフィディオが息を吹き返す。不動や他のチームメイトとも連携がかみ合いはじめ、ついに同点に追いついたオルフェウスは......。

鬼道と不動が秘密裏に特訓していた連携必殺技に、佐久間が加わった「皇帝ペンギン３号」でイタリア代表の座を勝ち取ったオルフェウス。しかし、影山の企みにより、イナズマジャパンとジ・エンパイアとの対戦が１日繰り上げられていた。試合会場へと急ぐ円堂たち。さらに同じ頃、久遠監督と響木も大会本部に呼び出しを受けて、足止めを受けていた。キャプテンである円堂と司令塔の鬼道、さらに監督を欠いたまま、イナズマジャパンは試合開始を迎えることに。不安を抱えたイレブンに、豪炎寺が、綱海が、風丸が檄を飛ばす。しかし、これまで失点０という鉄壁のディフェンスを誇るジ・エンパイアに果敢に攻撃を繰り返すが、ことごとく跳ね返され......。

相手ディフェンスの前に攻撃のペースは握れず、防戦一方のイナズマジャパン。ジ・エンパイアの怒濤の攻撃に「ムゲン・ザ・ハンド」を破られた立向居は、未完成の必殺技「魔王・ザ・ハンド」でシュートを防ごうとするも、成功しない。攻撃の糸口をつかめないまま、要である風丸が負傷で交代。追加点を入れられそうになったまさにその時、飛鷹の言葉によって覚悟を決めた立向居が、ついに魔王・ザ・ハンドを完成させ、ジ・エンパイアの必殺シュートを受け止める。その様子をテレビを通じて見ていた円堂たちは、これなら後半も戦い抜けると喜ぶが、大会本部にいる久遠監督の表情は厳しいままだった。そして後半戦。ジ・エンパイアの必殺タクティクス、「アンデスの蟻地獄」が発動する......。

激闘を繰り広げた、ジ・エンパイアとの試合で、立向居の魔王・ザ・ハンド、そして、豪炎寺、ヒロト、虎丸のグランドファイアという新必殺技、また、なによりもチームとしての一体感と自信を付けたイナズマジャパン。予選リーグを突破するには、もう１敗もできない状況ではあったが、ケガから復帰した吹雪が加わって、さらに意気をあげていた。一方、オルフェウスはイギリス代表ナイツオブクィーンとの対戦を迎えていた。ミスターＫの監督就任にいまだ納得できないオルフェウスのメンバーは、彼の指示は必要ないと突き放すが、必殺タクティクス「無敵の槍」を前に反撃の糸口が見えない。しかし後半、ミスターＫによるフォーメーション変更が功を奏し、試合の流れが変わる。

次の対戦相手となるアメリカ代表ユニコーン。かつてのチームメイトである一之瀬と土門が所属するこのチームとの戦いを前に、イナズマジャパンの面々はテレビでふたりの活躍を目の当たりにする。レベルアップしたふたりの活躍に喜びながらも、一之瀬の様子に違和感を覚える円堂。一方、一之瀬に呼び出され、大会後にプロユースに入ると告げられた秋も、彼の態度に違和感を感じていた。ひとり、アメリカチームの宿舎を訪れた彼女は、土門に一之瀬の不在を告げられる。押し寄せる不安から、土門を問い詰める秋。しかし土門は、目をそらして、何も変わりはないと答えるだけだった。実は、一之瀬は重大な秘密を抱えており、土門もそれを誰にも言えずにいて......。

ついに始まったイナズマジャパンとアメリカ代表ユニコーンとの対戦。開始早々、一之瀬の必殺技「ペガサスショット」が円堂の「イジゲン・ザ・ハンド」を打ち破り、ユニコーンが先制点を挙げる。一之瀬だけでなく、土門もディフェンスで豪炎寺のシュートを防ぐ活躍を見せる。この試合には絶対に勝つというふたりの気迫がユニコーンを盛り上げ、円堂たちにも負けられないという闘志をみなぎらせ、試合は激しさを増していく。過去に一度乗り越えたはずの事故の影響が、彼から再びサッカーを取り上げようとしていることに、秋は胸を痛めながらも見守るしかない。出会った時から円堂との本気の対戦を望んでいた一之瀬は、激しい気迫で攻撃を繰り返す......。

吹雪と風丸の連携必殺技、「ザ・ハリケーン」で同点に追いついたイナズマジャパン。ハーフタイムに一之瀬と秋の会話を聞いてしまった円堂は、彼の試合にかける覚悟を受け止め、全力で最高の戦いをすると誓う。そして後半。開始早々、一之瀬のセンタリングからの「ユニコーンブースト」により、追加点を挙げるユニコーン。再び攻め上がるユニコーンに、円堂がゴールを飛び出し、シュートを打たせない。鬼気迫る一之瀬、円堂の全力に全力で応えるプレイに、イナズマジャパンの面々も燃え上がる。綱海の新必殺技、「ザ・チューブ」でコーナーキックを直接ゴールにねじ込んで同点。対するユニコーンは、必殺タクティクス、「ローリングサンダー」を繰り出して対抗する......。

夜中に宿舎の廊下でカッパを見た！　そんな信じがたい円堂の話に、朝の食堂は微妙な空気に包まれる。空想上の動物であるカッパが、こんなところにいるはずがない。きっと何かと見間違えたに違いないと、朝の練習に出かけるイナズマジャパン。予選リーグ最後の試合となる、イタリア代表オルフェウスとの対戦に向けて、気合十分に練習を始める。その様子を陰から見つめる目があるとも知らず......。午前中の練習が終わったあと、今の実力では彼らに対抗できないと、ひとり対オルフェウスの対策を練るヒロト。森の中で練習するうちに、何かの気配に気づく。木陰から彼を見つめていたカッパによく似た少年は、亀崎河童と名乗る。そしてひょんなことから、彼とサッカーをすることに......。

世界の強豪相手に活躍するイナズマジャパンに、日本の仲間たちから手紙が届く。今はチームを離れている栗松、緑川、そしてネオジャパンの砂木沼......。それぞれの想いがこもった激励に、イナズマジャパンの面々も、やる気を倍増させて練習に臨む。そんな中、ひとり虎丸だけは沈み込んだ様子。まったく調子があがらない彼は、なにかにいらだつように周囲に八つ当たりした挙げ句、飛び出して行ってしまう。見かねた円堂に、飛鷹が自分に任せてくれと後を追う。彼に過去の自分の姿を重ねた飛鷹は、八つ当たりはよくないと虎丸を諭し、ドリブル勝負を挑む。サッカーを始めて日の浅い飛鷹に自分が負けるわけはない。虎丸は勝負を受けるが......。

予選リーグ最後の試合となるイタリア戦を前に、気合いの入るイナズマジャパン。選手たちに個別ドリンクを用意したり栄養管理をしたりと、すっかりマネージャーが板についてきた冬花に、選手たちは大喜び。円堂も、冬花はこれからも大事な仲間のひとりだと感謝の声をかけつつ、今の彼女なら大丈夫だと確信していた。そんな折、予選リーググループＢのスペイン代表、レッドマタドールとの練習試合が行われることに。確実に決勝トーナメントに進むには残り１試合何としても勝たなければいけないという同じ境遇のチーム同士、最終調整を兼ねた激しい試合は引き分けに。健闘をたたえ合い、決勝トーナメントでの再会を約束する姿に感動したと、興奮気味に円堂に語る冬花は、突然、倒れてしまい......。

イタリア代表オルフェウス戦の勝利を目指し、最後の練習に力の入るイナズマジャパン。しかし鬼道は、日本代表を破壊するというミスターＫの言葉に、焦りを隠せない。一方、オルフェウスは、ミスターＫがイナズマジャパン対策として編み出した必殺タクティクス、「カテナチオカウンター」を習得すべく、必死の特訓を繰り返していた。こんなことでは習得は無理だと練習場を後にするミスターＫに、選手たちはこんな練習は無駄だと怒りをあらわにする。ひとり、彼の行動には意味があるはずだというフィディオの元に、小包が届く。その中に入っていたDVDを観ると、古い映像――日本対韓国戦での、華麗な日本選手のプレイが記録されており......。

豪炎寺、吹雪の連携必殺技でオルフェウスから先制ゴールを奪ったイナズマジャパン。一方のオルフェウスは、ミスターＫの采配を信じるフェディオと、自分たちの力で勝とうとする他の選手との気持ちがバラバラのまま。それに気付いた鬼道は、絶妙なゲームメイクで試合を支配する。ノーマークの豪炎寺にボールが渡り、あわや追加点となったその時、なんとかインターセプトするフィディオ。そして彼は、「カテナチオカウンター」を完成させることが必要であり、自分はその究極のサッカーが見てみたいと、仲間たちと説得する。フィディオの真剣な言葉に、５分だけ彼を信じようという仲間たち。ゲームの中で「カテナチオカウンター」を完成させようとするフィディオは......。

フィディオの言葉の元にひとつとなり、必殺タクティクス・「カテナチオカウンター」を完成させたオルフェウス。イナズマジャパンの苦戦は続き、果敢に攻める鬼道もフィディオの鮮やかなステップの前にボールを奪われてしまう。イヤなムードを断ち切るため虎丸を投入するもカテナチオカウンターに防がれ、かろうじてシュートを放ってもブラージの「コロッセオガード」に防がれる。そしてついに、フィディオの必殺技「オーディンソード」が、円堂の「イジゲン・ザ・ハンド」を打ち破り、ジャパンゴールに突き刺さる。逆転を許し、動揺を隠しきれない仲間たち。そんな中、フィディオの動きが鬼道のプレイとよく似ていることに気付いた豪炎寺は、それを突破口にカテナチオカウンターを打破しようとする。

いよいよゲームは後半戦へ。カテナチオカウンターを破って同点に追いつき、勢いに乗るイナズマジャパンに対して、オルフェウスは帰ってきた正キャプテンを投入する。チームの結束とキャプテンの復帰、ミスターＫの戦術がそろった最強のオルフェウスがジャパンゴールを脅かす。炸裂する正キャプテンの必殺技でオルフェウスは再び勝ち越し。一度は破ったはずのカテナチオカウンターも、正キャプテンの加入によりさらに進化してボールの行く手を阻む。残り時間も少なくなり、遠のいていく勝利に焦りを感じ始める鬼道。しかし、追いつめられた状況で、彼は大切なあることに気づく。一方、ピッチの外ではオルフェウスの監督・ミスターＫが、不可解な動きを見せていた......。

予選全試合を終えて、自力での決勝トーナメント進出が不可能になったイナズマジャパン。チームの運命は、ヤマネコスタジアムで行われているアメリカ対アルゼンチン戦の結果に委ねられた。一之瀬を欠くユニコーンは、ジ・エンパイアの堅い守りの前になかなかゴールを割ることができない。接戦の末、一之瀬の待つアメリカに帰国する土門を見送る円堂たち。そこに夏未が現れ、あるものの到着を待っていると言う。イナズマジェットから出てきた古株が持っていたのは、円堂大介が残した最後のノートだった。そして、そこに書かれていたのは意外にも......。

天界と魔界が交わる場所といわれているライオコット島。かつて島では、天界と魔界の民が長い戦いを繰り広げていた。いつ果てるともしれない戦いを終わらせるため、人間のスポーツ・サッカーで勝負し勝利した天界の民は、魔界のリーダーである魔王を封印したという。そんないわくつきの「伝承の鍵」というブレスレットを露天商からタダでもらったリカと塔子。しかしリカと春奈の腕からブレスレットがはずれなくなってしまう。そのうち何とかなるだろうと、円堂たちは練習を再開。そこにフィディオ、マークとディランに、テレス、エドガーが現れ、互いの健闘を称えあい、紅白戦を始めることに。試合を開始したその時、雷鳴が轟き、雲が渦を巻く。ライオコット島に、何かが起ころうとしていた......。

連れ去られたリカと春奈を追って、マグニード山にたどり着いた円堂たち。リカにブレスレットを渡した露天商の老人たちの言葉に従い、天界と魔界の二手に分かれる円堂と鬼道たち。円堂が目指すヘブンズガーデンには、リカが軟禁されていた。豪勢な朝食に気を良くするリカだったが、天界の民・セインたちは、復活した魔王を封印するため、彼女を花嫁としてささげようとしていた。リカを魔王の花嫁になどしないと言う円堂たちに、セインは自分たちとの力の差を思い知らせるため、サッカーで勝負をつけようと提案する。絶対に負けられない円堂たち。しかし、セインたちの信じられない攻撃の前に、「イジゲン・ザ・ハンド」もあっさり破られてしまい......。

魔界の民にさらわれた春奈を連れ戻しに向かう鬼道たち。地下深くのデモンズゲートで、黒いウェディングドレスを着せられた春奈を発見するが、彼らの前に魔界の戦士・デスタを筆頭とした「魔界軍団Ｚ」が立ちはだかる。人間が魔界の者に挑む方法はただひとつ。古の掟に従い、サッカーで勝負すること。負ければ春奈は魔王の生贄として魂を食われてしまう。春奈を奪い返すべく試合に挑む鬼道たちだったが、試合開始直後、デスタの不可思議な動きに翻弄され、瞬く間に先制点を奪われる。あまりの出来事に息を呑む鬼道たち。不動、飛鷹が果敢に攻め込むが、シュートはゴールキーパー・アスタロスの必殺技にあっさり止められてしまう。そしてデスタの号令の元、魔界軍団Ｚの総攻撃が始まり......。

ついに復活してしまった魔王。その正体は、魔界軍団Ｚとセインたち天空の使徒が合体した「ダークエンジェル」だった。円堂たちと戦い、魂でぶつかり合うサッカーの素晴らしさに気づいたセインたちはもういない。悪魔に意識を支配され彼らは、より完璧な魔王となるべく、円堂たちの魂を奪うため勝負を挑んでくる。動けるのは双方ともに11人だけ。選手交代なしのデスゲームが始まる。一瞬にして鬼道や不動を抜き去り、デスタとセインによる必殺技、「シャドウ・レイ」が「イジゲン・ザ・ハンド」を撃ち抜く。ダークエンジェルの怒濤の攻撃に、守りを固めようとするフォワード陣。しかし、不動は彼らを前線に追い返す。ボロボロになりながらも、不動は逆襲の策を練っていた。

ＦＦＩ予選グループＢの最終戦ブラジル対フランスは、ブラジル代表ザ・キングダムの圧勝に終わった。必殺技「ストライクサンバ」を操るロニージョは、ブラジル史上最高の選手とも呼ばれ、現在、得点王争いのトップに立っていた。ザ・キングダムが次の対戦相手に決まり、緊張するイナズマジャパンのメンバー達。しかし、円堂は強敵との試合に胸が高鳴っていた。練習にも俄然気合いが入る円堂の元に、突然、ロニージョ本人が現れ、次の試合に負けてくれと告げる。戸惑いながらも、ロニージョの様子がおかしいことに気付いた円堂は、シュートを撃てと言う。そのパワーは恐るべきもので、八百長など必要ないと思われた。疑問に感じた円堂は、仲間たちにこのことを相談するが......。

ロニージョたちを救うため、ガルシルド邸に忍び込んだ円堂たち。持ち帰ったデータの中には、なんとガルシルドが世界征服を企んでいる証拠が記されていた。参加各国をいがみ合わせ戦争を引き起こすためにＦＦＩを開催し、サッカーを戦争の道具に利用しようとしているガルシルドに、怒りを覚える円堂たち。証拠を警察に持ち込めば、ガルシルドは確実に逮捕される。恐ろしい企みを止めるため、そしてロニージョたちを救うために、響木はデータを手に警察に向かう。このことを知らせるため、円堂たちはブラジルエリアへ。決勝トーナメントで本気の戦い、自分たちのサッカーができると喜ぶロニージョたち。しかし、最高の戦いを約束して戻ってきた円堂を、響木が何者かに襲われたという知らせが待っていた......。

決勝トーナメント第１試合のスタジアムに現れたガルシルド。彼が世界征服を企んでいる証拠は、警察にまで手を回しもみ消されていたのだ。キックオフ直後から、何かに取りつかれたようにプレイするロニージョ。チームの仲間ですら困惑する彼の姿の裏には、ガルシルドによって施された、ある恐ろしいプログラムが関係していた。驚異的なプレイでイナズマジャパンを寄せ付けないばかりか、仲間との連携プレイすらしないロニージョは、ひとりゴールへと切り込んでいく。その鬼気迫るプレイに不審を感じたチームメイトに、プログラムを施されたことを気付かれる。自分が犠牲になれば家族と仲間を助けられると告げるロニージョ。そして、ザ・キングダムはある必殺タクティクスの使用を決意する......。

ガルシルドは逮捕され、ザ・キングダムの監督は交代するも、彼の残した「家族たちはどうなると思う？」という言葉に、心の晴れないロニージョたち。一方、前半はザ・キングダムの必殺タクティクス「アマゾンリバーウェーブ」の前に手も足も出なかったイナズマジャパンだったが、手術を受けている響木のためにも勝利を誓い、そして本気のロニージョたちと戦える喜びで湧き上がる。しかし、後半が始まってもザ・キングダムのプレイは、前半と変わらぬチームプレイ。ガルシルドの逮捕で仕事を失うだろう家族たちを心配して、実力が出せないでいたのだ。そんな彼らも、土方のひとことで目を覚ます。自分たちのサッカーを取り戻したロニージョたちは、個人技を織り交ぜた見違えるようなプレイで瞬く間に逆転する......。

死力を尽くした戦いの末、ついに決勝戦へとコマを進めたイナズマジャパン。響木の手術も成功し、すべてがうまくいったかに思われたが、連行中のガルシルドが部下の手を借りて逃走していた。一方、オルフェウス対コトアール代表・リトルギガントの一戦が開始される。決勝戦でもう一度フィディオたちと戦いたいという円堂の想いをよそに、試合はリトルギガントの一方的な勝利に終わっていた。「カテナチオカウンター」をはじめとしたすべての戦術を完璧に分析されたオルフェウスは、必殺技すら使わない相手に成す術もなかったという。フィディオから試合の様子を聞いた円堂の前に、以前出会った赤い帽子の男とロココをはじめとするリトルギガントの面々、そして円堂をよく知る人物が姿を現し......。

響木の見舞いに来たイナズマジャパンの前に、姿を現した夏未。オルフェウスを破った分析能力は、彼女のものだったのだ。驚く間もなく、コトアールエリアが正体不明の者たちに襲われているとの知らせが入る。直ちに現場に向かう円堂たち。変装した襲撃者たちの正体は、ガルシルドの作った私設サッカーチーム、チーム・ガルシルドであった。ガルシルドの口から明かされる、リトルギガントの監督である赤い帽子の男の正体。影山を操り、さまざまな悪事を働いてきたガルシルドは、彼と彼のサッカーそのものを葬り去ると宣言する。サッカーを悪事に利用し、汚す奴は許せない。円堂たちは、ケガをしたロココたちの代わりにガルシルドの挑戦を受けることに......。

デモーニオやロニージョを実験台にして完成させたＲＨプログラム。究極の強化人間プレイヤーたちで作られたチーム・ガルシルドを相手に苦戦するイナズマジャパン。スピード、フィジカル、テクニックすべての面で圧倒され、円堂の「真イジゲン・ザ・ハンド」ですらシュートを防げない。１対１でダメならとばかり、必殺タクティクス「デュアルタイフーン」でシュートまで持ち込むが、虎丸の「グラディウスアーチ」までも止められてしまう。大介の助言で何かをつかんだかに見えた円堂だったが、チーム・ガルシルドの必殺シュートはまたも止められず、追加点を許してしまう。そんな中、夏未は完璧と思われるチーム・ガルシルドの「穴」を見つけるべく、試合を見つめていた......。

夏未の作戦によってイナズマジャパンはチーム・ガルシルドとの戦いを終え、ガルシルドは国際警察に逮捕された。響木は意識を取り戻し、円堂と大介は再会を喜び合う。そして大介の口から明かされる、ガルシルドの悪事を暴くための戦いと、コトアールでの生活。円堂は、自分がここまで来られたのは、大介の存在があったからこそだと胸の内を語る。サッカーを愛する者同士、決勝戦で、最高の戦いをしようと誓い合うふたり。そして大介は、最高のイナズマジャパンと戦うため、夏未にイナズマジャパンに戻り、チームオペレータとして力を尽くせと告げる。決意を固めた夏未をチームに迎え、イナズマジャパンは最強のチームとなるべく決勝戦に向けて始動する......。

ロココの実力を目の当たりにして、負けられない気持ちをより強くした円堂。新たな必殺技を生み出すべく、今まで以上に気合の入った特訓を続ける彼のもとを、フィディオをはじめオルフェウスのメンバーが訪れる。決勝戦で再び対戦しようと交わした約束を果たせずにすまないと言うフィディオに、円堂は大介、ロココとの関係を語り、絶対に勝ちたい相手だと闘志を燃やす。そんな円堂に、決勝戦を前にリトルギガントと戦ってみたくはないかと問いかけるフィディオ。オルフェウスの面々は、リトルギガントの戦い方を伝えるべく、イナズマジャパンの練習試合の相手をしにきたのだ。前半とまるで違う後半の動き、そして相手の人数が倍になったかのような動きとスピード。フィディオたちの伝えるリトルギガントの戦い方に、円堂たちは......。

フィディオたちとの練習により、新たな必殺技の手ごたえを感じとった円堂たち。各々が対リトルギガント戦への糸口をつかみ、意気上がるイナズマジャパンのもとに、日本に残った雷門中の仲間たちからビデオレターが届く。代表選手を数多く送り出したこともあり、入部希望者の絶えない部の様子に加えて、新しく作られた部室などの映像に驚きを隠せない円堂たち。その姿に、他のメンバーもサッカーへの想いに胸を熱くする。そして、豪炎寺と想い出を語る円堂の口から、７人で始まる前の雷門中サッカー部のこと、彼がサッカーを始めたきっかけが語られる。じいちゃんのノートを目にした時の衝撃、初めてボールを蹴った日の出来事、そして、円堂とアキのふたりで始まった雷門中サッカー部は――。

ＦＦＩ決勝戦へと勝ち上がったのは、日本代表・イナズマジャパンと、コトアール代表・リトルギガント。両チームともダークホースとして大会に波乱を巻き起こしてきただけに、なにかが起きるに違いないという期待に溢れた対戦となっていた。イナズマジャパンの面々は、新たな必殺技への手ごたえを得て、朝からひとり練習をしていた円堂をはじめ、世界一をかけた戦いに心を昂ぶらせ、気合十分に決勝戦の朝を迎える。その姿に、ともに戦う気持ちを新たにする監督の久遠、冬花をはじめとするマネージャーたち、そして響木。それぞれが困難を乗り越えてたどり着いたこの日。途中で代表を離脱した仲間たちや代表に選ばれなかった多くの選手たちの想いを胸に、ついに決勝戦のフィールドに立つ......。

今大会で初めて必殺技を見せたリトルギガントに先制点を許してしまうイナズマジャパン。ひるまず反撃するも、染岡、ヒロト、豪炎寺の必殺シュートは全て、ロココの必殺技に防がれてしまう。さらに、高い身体能力を武器に攻め込むリトルギガントに、何度もゴールを脅かされる円堂。ゴッドキャッチはいまだ完成せず、仲間のフォローでなんとか失点を防ぐ状況が続く。ついに染岡が倒れ、代わりに虎丸がピッチに入り、久遠からの伝言を伝える。それは、円堂がゴッドキャッチを完成させるまで、全員でゴールを守るという、思い切った作戦であった。円堂を中心にまとまり、100％以上の力を発揮することで勝ち抜いてきたイナズマジャパン。監督の信頼を受け、決意を新たにした円堂は、ついに......。

試合中に常に進化し続けるイナズマジャパン。円堂を中心に円で繋がった彼らのサッカーが、最強の点が集まったリトルギガントのサッカーを破って、ついに同点に追いつく。しかし、ひるむことなく、むしろ強敵との戦いに興奮を隠せないリトルギガントは、戦術を変えて 後半戦に臨む。徹底的なマークで相手にボールを渡さないイナズマジャパン。しかし、勝ちたいという気持ちがリトルギガントを変える。彼らの想いがロココへとボールを繋ぎ、ついにロココの必殺シュートが放たれゴールを奪う。ライバルを得たことで十分に強かったリトルギガントが、さらに成長を遂げたのだ。負けじと進化を続けるイナズマジャパンの面々。双方譲らぬ戦いは続き......。

「胸の重りを外せ。」その大介の言葉に、リトルギガントのプレイがさらに活気づく。さらに進化したロココの必殺シュートをかろうじて防いだ円堂だったが、チームプレイを完成させたリトルギガントに防戦一方。イナズマジャパンというライバルを得て、究極の進化を遂げた彼らを前に、ついに久遠監督が動く。彼の出した最後の指示に、力強く頷く円堂たち。怒濤のようなリトルギガントの攻撃にくじけず、必死でボールを追うイナズマジャパン。しかし彼らの顔には楽しげな笑みが浮かんでいた。選手だけじゃない、監督も、今ここにいない仲間たちも一緒に戦っている。その想いが実り、ついにチャンスをつかんだかと思われたその時、ボールはロココに奪われ、必殺シュートが放たれる......。

激戦の末、幕 を閉じたＦＦＩ。帰国したイナズマジャパンのメンバーはそれぞれ故郷へと帰って行き、それぞれが大きな歓声で迎えられ、そして、普通の生活へと戻っていった。時は流れて、円堂たち雷門イレブンは３年間の中学時代最後の日を迎える。祖父の大介は、相変わらずどこかの国でサッカーを教えているという。円堂は卒業式と、そのあとに待ち受けるあるイベントが楽しみでしょうがない。今やＦＦ全国大会三連覇を目指すまでになった雷門中サッカー部。河川敷、雷門中のグラウンドと、運命的な出会いの場所を巡りながら、想い出を語りあい、友情を確かめ合う円堂たち。彼らの姿をうらやましそうに眺める虎丸をはじめとした後輩たち。それぞれの想いを胸に、卒業式が始まる......。

夏未の提案で卒業式のあとに行われることになった、雷門中サッカー部の壮行試合。佐久間や源田たち、帝国学園の卒業生たちも見学に訪れる中、雷門中サッカー部の始まりとなった11人と、のちに仲間となり、ともに戦ってきた11人とに分かれた、雷門イレブン同士の夢の対決が始まる。想い出をかみしめるように互いの必殺技をぶつけ合い、互いの成長を確かめ合う雷門イレブン。円堂たち卒業生組の気合と技術に勝るとも劣らない、残された 栗松 をはじめとする、これからの雷門中サッカー部を支える面々の成長。そして、彼らのライバルとして立ちはだかるだろう、立向居たちの奮闘。どちらも譲らぬ一進一退の攻防の中、一同は、それぞれの将来に想いをはせ......。